Ayrı Tip
Membran modülü ve biyoreaktör ayrı ayrı kurulur.
Biyoreaktördeki karışık sıvı, bir sirkülasyon pompasıyla basınçlandırılır ve ardından membran modülünün filtreleme ucuna pompalanır. Basınç altında, karışık likördeki sıvı membrandan geçerek arıtılmış su haline gelir; katılar ve büyük moleküller membran tarafından tutulur ve konsantre ile birlikte biyoreaktöre geri gönderilir.
Entegre Tip
Membran modülü biyoreaktörün içine yerleştirilir. Besleme suyu, çoğu kirleticinin karışık sıvıdaki aktif çamur tarafından giderildiği membran-biyoreaktöre girer ve daha sonra su, dış basınç altında membran tarafından filtrelenir.
Bu tip membran-biyoreaktör, karışık sıvı sirkülasyon sistemini ortadan kaldırdığı ve pompa- destekli filtrelemeye dayandığı için nispeten düşük enerji tüketimine sahiptir; ayrıca ayrı tipe göre daha kompakt bir ayak izine sahiptir ve son yıllarda su arıtma alanında büyük ilgi görmüştür. Bununla birlikte, genellikle nispeten düşük bir membran akışına sahiptir, membranın kirlenmesine eğilimlidir ve kirlenmeden sonra temizlenmesi ve değiştirilmesi zordur.
Kompozit tip
Form olarak aynı zamanda entegre membran biyoreaktörleri kategorisine de aittir. Aradaki fark, reaktörün bazı özelliklerini değiştiren kompozit membranlı bir biyoreaktör oluşturmak için biyoreaktörün içine ambalaj malzemesi eklenmesidir.